En speciallæge i klinisk farmakologi har ofte et meget varieret arbejde. Som ansat på en af de kliniske farmakologiske afdelinger kan arbejdet indeholde elementer af:

• Forskning
• Undervisning af lægestuderende, yngre læger, hospitalsansatte læger, praktiserende læger og andet sundhedsfagligt personale
• Rådgivning af sundhedsfagligt personale i brug af lægemidler og udarbejdelse af medicingennemgange hos patienter med kompleks medicinering i både somatik og i psykiatri
• Rådgivning  af enkelte regioner, Danske Regioner, Lægemiddelstyrelsen og Sundhedsstyrelsen i forhold til ibrugtagning af ny, dyr medicin, monitorering af forbruget af medicin, udarbejdelse af indsatser både mod primær- og sekundærsektor
• Rådgivning om forgiftninger med lægemidler og udarbejdelse af toksikologiske vurderinger af lægemiddelanalyser i forbindelse med dødsfald
• Rådgivning om tolkning af lægemiddelanalyser som led i almindelig lægemiddelbehandling af patienter

Nogle speciallæger arbejder i Lægemiddelstyrelsen indenfor enten godkendelse af nye lægemidler eller med bivirkningsindrapportering.

Andre speciallæger arbejder i Lægemiddelindustrien med udvikling af nye lægemidler.